Kırkağaç Meslek Yüksekokulu, 03/10/1994 tarihinde kurulmuştur. 1994-1995 öğretim yılında faaliyete geçen Yüksekokulun Bilgisayar Programcılığı, Muhasebe ve Vergi Uygulamaları, Lojistik, Sosyal Güvenlik ve Elektrik Programları ile ülkemizin bu alanlardaki eleman ihtiyacının karşılaması amaçlanmıştır.

1994-1995 öğretim yılında, Bilgisayar Teknolojisi ve Programlama ve Elektrik Birinci Örgün Öğretim Programları açılmış olup, 1999 - 2000 öğretim yılında Bilgisayar Teknolojisi ve Programlama ve Elektrik İkinci Öğretim Programları ile Muhasebe Birinci Örgün Öğretim programı faaliyete geçmiştir. Muhasebe İkinci Örgün Öğretim Programının faaliyete geçmesi ise 2002-2003 öğretim yılında olmuştur.

2006-2007 öğretim yılından itibaren Elektrik programına öğrenci alımı durdurulmuştur.

2010-2011 öğretim yılından itibaren Lojistik Programı hem birinci, hem de ikinci öğretim olmak üzere öğrenci kabulüne başlamıştır.

2015-2016 öğretim yılından itibaren Sosyal Güvenlik Programı birinci öğretim olarak öğrenci kabulüne başlamıştır.

2008 yılında 45.145 metrekare alana sahip olan Tekel binaları Yüksekokulumuza verilmiş olup bu binalardaki tadilatlar yapılarak 7 derslik, 4 laboratuar, 2 amfi oluşturulmuştur. Ayrıca akademik ve idari personel için çalışma odaları, öğrencilerimiz için kültür odaları, kütüphane, kantin, kafeterya, yemekhane, kapalı spor salonu ve futbol sahası oluşturulmuştur. Yüksekokulumuzun fiziki alt yapı çalışmaları hızla devam etmektedir.

Meslek Yüksekokulumuz da halen Bilgisayar Programcılığı, Muhasebe ve Vergi Uygulamaları, Lojistik Programlarında Örgün Öğretim eğitimi devam etmekte olup Sosyal Güvenlik Programında ise Örgün ve İkinci Öğretim olarak devam etmektedir.